NCBI (National Centre of Biotechnology Information)

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler.NCBI merupakan bukti adanya keuntungan tekhnologi informasi yang ada pada masa sekarang ini..perkembangan tekhnologi memudahkan manusia untuk mendapatkan data biologi molekuler dengan cepat.

NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsangriset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

NCBI menyimpan data sekuensing genom di dalam “GenBank”. Pada NCBI juga tersimpan daftar artikel penelitian biomedik di dalam “PubMed Central” dan “PubMed” Semua database dapat diakses online melalui mesin pencari “Entrez”. Data pada Entrez cukup banyak dari berbagai tipe dan terkoneksi antara satu data dengan data yang lain. 

Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.

Databases and Software
1.Entrez
Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan sekuensing, pemetaan (mapping) , taksonomi dan data struktural. Entrez juga menyediakan gambaran grafis untuk mapping sekuen dan kromosom. Ciri khas dan keunggulan Entrez adalah kemampuan untuk pencarian informasi terkait sekuen, struktur dan referensi. Literatur jurnal yang tersedia dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung pencarian di web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di MEDLINE. Entrez Gene adapat diakses pada www.ncbi.nlm.nih.gov/gene.

2. Nucleotide Database
Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein Data Bank (PDB).
a. GenBank
GenBank merupakan database sekuen genetik dari NIH (National Institutes of Health), berupa koleksi sekuen DNA yang dapat diketahui oleh publik. Database GenBank dibiayai dan didistribusikan oleh NCBI. Data sekuen dikirim ke GenBank oleh peneliti dari seluruh dunia.

3. Blast
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan
dengan database DNA dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik). Keterangan lengkap mengenai program BLAST dapat dilihat pada : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
a.nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.
b.protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein.
c.blastx : membandingkan produk translasi konsep 6‐frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.
d.tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
e.tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

Terdapat beberapa fitur yang ada didalam GenBank, Penjelasan dari fitur yang ada pada format GenBank diantaranya adalah sebagai berikut:
LOCUS : selalu menempati baris pertama pada tampilan entry, yang menunjukan nama sekuen pada GenBank, terdiri dari nama sekuen, panjang sekuen (pasang basa/base pairs), molekul, bentuk molekul, dan tanggal update terakhir.
Accession Number: nomor identifikasi sekaligus nomor akses yang khas untuk setiap sekuen.
Version: nomor identifikasi bagi sekuen yang telah mengalami koreksi atau perbaikan dari sekuen sebelumnya. Version biasanya mirip dengan Accession Number (AC), namun dengan tambahan angka setelah titik yang terletak di belakang AC sesuai dengan urutan versi perbaikannya. Contoh AJ000012.2 merupakan sekuen dengan AC=AJ000012 yang telah diperbaiki dua kali.
Definition: mengandung informasi yang mendeskripsikan sekuen tersebut.
KeyWord: kata kunci untuk mendapatkan data tersebut, selain dengan accession number. Kata kunci bisa berdasarkan struktur, fungsi atau kategori lainnya.
Source Organism: nama ilmiah dari organisme yang menjadi sumber diperolehnya sekuen tersebut dan klasifikasi taksonomo dari organisme sumber.
Reference Number: menunjukan nomoer urutan referensi yang menjadi sumber diperolehnya data sekuen tersebut.
Reference Position: menunjukan urutan basa nukleotida yang diperoleh dari referensi tersebut
Reference Author: daftar pengarang dari referensi tersebut
Feature: mengandung catatan atau keterangan mengenai ciri/karakter setiap sekuen.
Baris data sekuen: urutan basa dari sekuen tersebut yang ditulis 60 basa per baris, dikelompokan setiap 10 basa dan dibatasi dengan spasi (blank). Arah sekuen selalu dari ujung 5′ (5 prime) ke ujung 3′ (3 prime).