Identification of Immune Genes of The Agamaki Clam (Sinonovacula constricta) by Sequencing and Bioinformatics Analysis of ESTs

Ringkasan mengenai jurnal ini merupakan bagian dari serangkaian tugas dan salah satu syarat Ujian dari mata kuliah Teknologi Informasi, penelitian jurnal ini berjudul "Identification of Immune Genes of The Agamaki Clam (Sinonovacula constricta) by Sequencing and Bioinformatics Analysis of ESTs", penelitian ini dilakukan pada tahun 2009 oleh Bingbing Feng, Lingli Dong, Donghong Niu, Shansan Meng, Bing Zhang, Dabo Liu, Songnian Hu, dan Jiale Li. Jurnal ini didapatkan melalui website undip www.undip.ac.id dan kemudian masuk ke website jurnal www.spingerlink.com, tema jurnal ini mengarah pada tema Ujian Teknologi Informasi yaitu mengenai "AQUACULTURE BIOINFORMATIC".

Ringkasan dari jurnal tersebut akan diulas berikut ini.

Species Bivalve memainkan peranan penting dalam ekosistem, yaitu sebagai filter feeder, mereka memiliki hubungan dengan produsen primer terutama yaitu plankton dan bakteri. Kebanyakan bivalve menjadi sumber makanan penting bagi manusia, kematian bivalve yang menjadi makanan penting mangelami kematian sebelum dewasa.

Kerang Agamaki adalah kerang yang menjadi salah satu kerang yang merupakan kerang ekonomis penting di Asia. Penelitian mengenai genom species ini sudah dilakukan semenjak masih berupa larva, dan penelitian lebih lanjut mengenai genom kerang ini pada masa dewasa masih belum ada ditemukan. Ilmu mengenai penelitian ini menghasilkan tags (ESTs), yaitu mengenai kenormalan jantung yang melengkapi  DNA dan untuk mengidentifikasi gen yang berfungsi sebagai imunitas atau daya tahan tubuh terhadap penyakit.

Jumlah ESTs sebanyak 5.296 yang telah di sequencing dari 540 contigs dan 3.473 tunggal yang telah diidentifikasi. homologi BLAST yang telah dianalisis mengindikasikan hanya 20,7% dari ESTs yang homolog dari hal tersebut diketahui terdapat 79,3% gen yang tersisa. 

EST adalah urutan sub-pendek dari cDNA urutan. Mereka dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen transkip , dan berperan dalam penemuan gen dan tekad urutan gen. Identifikasi EST telah berjalan cepat , dengan sekitar 65.900.000 EST sekarang tersedia di database publik. EST dapat dipetakan ke lokasi kromosom tertentu menggunakan pemetaan fisik teknik, jika genom organisme yang berasal dari EST telah diurutkan, seseorang dapat menyelaraskan urutan genom EST dengan menggunakan komputer.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

Hasil dari sequencing yang hampir sama didapatkan ada 43 gen imunitas yang teridentifikasi yang mengandung protease dan inhibitor protease, protein adhesif, protein stres, dan enzim lisosom, dan sinyal regulator transduksi. Penelitian ini memberikan hal besar bagi transkip dan penjelasan yang lebih jelas mengenai gen-gen imunitas yang penting bagi spesies-species bivalve.  

jurnal ini dapat dilihat pada sumber alamat website berikut: http://www.springerlink.com/content/p7722841g10j1183/

Isolasi Asama Deoksi Nukleat (DNA) Cyprinidae (Cyprinus carpio) dengan PCR RFLP

Bioinformatika, sesuai dengan asal katanya yaitu “bio” dan “informatika”, adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya, Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya.

bioinformatika yang dimaksudkan dalam jurnal yang berjudul "Isolasi Asama Deoksi Nukleat (DNA)  Cyprinidae (Cyprinus carpio) dengan PCR RFLP" adalah untuk mengulas tentang bioinformatika dalam bidang budidaya terutama ikan Mas. teknologi yang digunakan yaitu dengan menggunakan teknik PCR, yaitu PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif.

ikan mas telah banyak dilakukan pembudidayaan pada masa sekarang ini, ikan mas juga memiliki berbagai jenis strain ikan. ikan mas yang berasal dari berbagai daerah akan cenderung endemik atau memiliki kecenderungan penyesuaian terhadap daerah yang sedang ditempatinya, sehingga terkadang menyebabkan ikan mengalami perubahan kualitas genetik. untuk mencegah dan mengetahuinya maka dilakukan metode DNA dengan menggunakan teknik PCR RFLP.

tujuan dari penelitian tersebut adalah untuk melihat organ ikan seperti jantung, hepar, dan darah yang berkaitan dengan organ-organ lain melalui metode PCR-RFLP. 

metode yang dilakukan yaitu dengan melakukan pembedahan pada ikan Mas dengan mengambil organnya kemudian digerus hingga halus kemudian akan didapatkan isolat yang digunakan untuk isolasi dan ekstaksi DNA.

analisis RFLP adalah metode yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi karakter polimorfik (dasar perubahan) yaitu mendefinisikan liniage DNA untuk analisis philogenetiknya, termasuk dengan enzim restriksi untuk menandai bagian polimorfisnya. hasil dari penelitian menunjukkan bahwa hasil restriksi DNA genom dengan menggunakan enzim restriksi EcoRi dengan analisis PCR-RFLP mempunyai panjang pita 12 kb pada amplifikasi genom DNA dan 4 kb pada hasil retriksi EcoRi.

penelitian tersebut menunjukkan bahwa isolasi DNA pada organ tubuh ikan Mas dengan menggunakan enzim restriksi Ecori profil DNA dari organ jantung, hepar, darah adalah monoformik.

penelitian tersebut diatas dapat dimanfaatkan untuk melihat profil genetika DNA dari C.carpio dan juga untuk menganalisa bagaimana karakter DNA pada saat ikan tersebut terinfeksi oleh bakteri atau patogen. keterkaitan antara kualitas genetik suatu individu terhadap infeksi penyakit tertentu dapat pula mempengaruhi kualitas genetika ikan C.carpio.

ulasan mengenai jurnal yang berjudul "Isolasi Asama Deoksi Nukleat (DNA)  Cyprinidae (Cyprinus carpio) dengan PCR RFLP" dibuat untuk memenuhi tugas Teknologi Informasi.

sumber: http://jurnal.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/111086568.pdf