Ringkasan mengenai jurnal ini merupakan bagian dari serangkaian tugas dan salah satu syarat Ujian dari mata kuliah Teknologi Informasi, penelitian jurnal ini berjudul "Identification of Immune Genes of The Agamaki Clam (Sinonovacula constricta) by Sequencing and Bioinformatics Analysis of ESTs", penelitian ini dilakukan pada tahun 2009 oleh Bingbing Feng, Lingli Dong, Donghong Niu, Shansan Meng, Bing Zhang, Dabo Liu, Songnian Hu, dan Jiale Li. Jurnal ini didapatkan melalui website undip www.undip.ac.id dan kemudian masuk ke website jurnal www.spingerlink.com, tema jurnal ini mengarah pada tema Ujian Teknologi Informasi yaitu mengenai "AQUACULTURE BIOINFORMATIC".
Ringkasan dari jurnal tersebut akan diulas berikut ini.
Species Bivalve memainkan peranan penting dalam ekosistem, yaitu sebagai filter feeder, mereka memiliki hubungan dengan produsen primer terutama yaitu plankton dan bakteri. Kebanyakan bivalve menjadi sumber makanan penting bagi manusia, kematian bivalve yang menjadi makanan penting mangelami kematian sebelum dewasa.
Kerang Agamaki adalah kerang yang menjadi salah satu kerang yang merupakan kerang ekonomis penting di Asia. Penelitian mengenai genom species ini sudah dilakukan semenjak masih berupa larva, dan penelitian lebih lanjut mengenai genom kerang ini pada masa dewasa masih belum ada ditemukan. Ilmu mengenai penelitian ini menghasilkan tags (ESTs), yaitu mengenai kenormalan jantung yang melengkapi DNA dan untuk mengidentifikasi gen yang berfungsi sebagai imunitas atau daya tahan tubuh terhadap penyakit.
Jumlah ESTs sebanyak 5.296 yang telah di sequencing dari 540 contigs dan 3.473 tunggal yang telah diidentifikasi. homologi BLAST yang telah dianalisis mengindikasikan hanya 20,7% dari ESTs yang homolog dari hal tersebut diketahui terdapat 79,3% gen yang tersisa.
EST adalah urutan sub-pendek dari cDNA urutan. Mereka dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen transkip , dan berperan dalam penemuan gen dan tekad urutan gen. Identifikasi EST telah berjalan cepat , dengan sekitar 65.900.000 EST sekarang tersedia di database publik. EST dapat dipetakan ke lokasi kromosom tertentu menggunakan pemetaan fisik teknik, jika genom organisme yang berasal dari EST telah diurutkan, seseorang dapat menyelaraskan urutan genom EST dengan menggunakan komputer.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.
Hasil dari sequencing yang hampir sama didapatkan ada 43 gen imunitas yang teridentifikasi yang mengandung protease dan inhibitor protease, protein adhesif, protein stres, dan enzim lisosom, dan sinyal regulator transduksi. Penelitian ini memberikan hal besar bagi transkip dan penjelasan yang lebih jelas mengenai gen-gen imunitas yang penting bagi spesies-species bivalve.
jurnal ini dapat dilihat pada sumber alamat website berikut: http://www.springerlink.com/content/p7722841g10j1183/
Tidak ada komentar:
Posting Komentar